托木斯克州地区有大量的自然资源和原物料，泥煤、褐煤、粘土、沙、砾石等非金属矿产资源丰富。其中，泥炭储量为全俄罗斯第二。而对该州来说，最重要的是石油和天然气基地。在该州境内从东北—西北对各河流间的洼地都进行勘探测量，矿产资源丰富，有铁、有铁、钛、铬、镍、金、银和白金、铝、锌、汞、锑及其它稀有金属等金属矿产资源。由于该州位于西西伯利亚铁矿区，州域内的巴克柴尔、科尔帕舍沃、帕拉别里和帕尔比克均为铁矿区。巴克柴尔矿产地估计其储藏量达1100亿吨—1200亿吨。而有色金属钛分布在图卡斯克和革奥尔基夫斯克。在州境内还发现了铬、镍、金、银和白金，在州南部发现了有色金属铝、锌、汞、锑及其它稀有金属。森林面积则超过2.6772万公顷，包含丰富的针叶林树种占1.0105万公顷。森林面积则超过2.6772万公顷，包含丰富的针叶林树种占1.0105万公顷。森里的总木材存量则达2602.8万立方公尺。森立覆盖占托木斯克州60%面积，主要是商业树种。针叶林，特别是西伯利亚雪松、云山、银杉与落叶松为商业树种的主要品种，还有樟松、红松、冷杉、云杉以及白桦等森林资源，又有食用、药用植物及蘑菇等植物资源。此外，托木斯克州的水利资源也非常丰富。

       托木斯克州位于巨大的西西伯利亚自流水流域，水资源丰富。托木斯克是西伯利亚最大的水源地之一，已勘探出了含溴、碘、氧化硫的矿泉水。在流域的深层（100多米）就是温泉源。在扎瓦尔扎诺村发现了矿泉水源。在柴热姆托村有著名的疗养水源。大量的淡水都集中在州的河流、湖泊和沼泽中。